FEMS Microbiology Ecology是欧洲微生物学会联合会（FEMS）旗下的期刊，专注于微生物生态学领域，发表关于微生物群落结构、功能、多样性及其与环境互动的研究，涵盖土壤、水体、极端环境及宿主相关微生物组，利用宏基因组学等先进技术解析微生物生态过程。